¿Puede depositarse un artículo publicado online que aún no tiene asignado nº y paginación? 

Sí y habrá que modificar o añadir los metadatos necesarios cuando se publique en la revista y tenga ya asignado Nº y paginación. Si hay que depositar la versión aceptada con embargo, la fecha a tener en cuenta para poner el embargo es el día de la publicación online.